12月30日上午，中国科学院隆重举行迎新年升国旗仪式。伴随着雄壮的义勇军进行曲，全国人大常委会副委员长，中国科学院院长、党组书记路甬祥亲手升起了鲜艳的五星红旗。中国科学院常务副院长、党组副书记白春礼，副院长、党组成员李家洋、詹文龙，党组副书记方新，中纪委驻院纪检组组长、党组成员王庭大，党组成员、秘书长李志刚，副秘书长邓麦村、曹效业和中科院机关全体职工参加了升旗仪式。升旗仪式由规划战略局局长潘教峰主持。
（规划战略局局长潘教峰主持升旗仪式）
路甬祥在升旗仪式上发表讲话。他代表中国科学院，向全院广大科技工作者、干部职工、青年学生和离退休老同志，向在中科院交流访问的中外专家学者，向所有关心、支持中科院改革创新发展的各界人士致以新年祝福和亲切问候，向节日期间仍坚守岗位的同志们表示敬意和感谢。
（全国人大常委会副委员长、中国科学院院长、党组书记路甬祥讲话）
路甬祥说，2009年是我国我院发展历程上极不平凡的一年。新中国60年走过光辉征程，取得了举世瞩目的伟大成就，谱写了自强不息的壮丽凯歌。在党中央国务院的正确领导下，我国应对国际金融危机的一系列重大举措取得明显成效。中科院认真学习贯彻中央领导同志在建院60周年之际的指示和讲话精神，深入贯彻落实科学发展观，求真务实，改革创新，科技创新成效显著，各项事业又好又快发展。
路甬祥说，2009年是中科院全面系统总结建院60周年历程的一年。中科院建院60年来，始终与科学共进、与祖国同行，在落实科教兴国战略、建设国家创新体系和创新型国家的伟大实践中闯出了一条自主创新的道路，发挥了科技国家队的骨干引领与示范带动作用。
路甬祥说，2009年是中科院科学前瞻、谋划发展的一年。高质量完成了重要领域科技发展路线图战略研究工作，向国家提出了依靠科技创新构建我国八大经济社会基础和战略体系的重要建议。发布了“创新2050：科技技术与中国的未来”战略研究系列报告，得到国家有关部门、社会各界和国际科技界的高度关注和积极评价。制定了知识创新工程2020方案，正在全面推进“十二五”发展规划制定工作。
路甬祥说，2009年也是中科院改革创新发展成果丰硕的一年。中科院组织实施“应对金融危机、支撑经济发展科技创新专项行动计划”，取得重要进展；积极建议和承担国家、地方和企业重大科技任务，基础前沿、战略高技术和重大公益性研究取得了一批重大成果，例如，在世界上首次证明了iPS细胞的全能性；高温超导体研究取得新的重要进展；建成了世界首个光量子电话网；我国第一套单精度峰值超过每秒1000万亿次浮点运算的超级计算系统研制成功并投入使用；成功建成世界上第一套万吨级“煤制乙二醇”工业示范装置；国家一类抗菌新药盐酸安妥沙星获得新药证书；完成了海陆一体化的《中华人民共和国1:100万地貌图集》的编制和出版；完成了至2050年大气CO2浓度控制各国的排放配额估算，为我国参与国际气候谈判提供了重要科学依据和建议；高质量完成上海光源、LOMOST等多项大科学装置建设。科技创新基地建设、研究所综合配套改革、人才系统工程实施进展顺利；科技布局调整取得新成效，5个新建所得到中编办批准成立并通过验收；院士增选工作顺利完成；院地合作推动科技成果转移转化、对外开放与合作成效显著；国家科学思想库作用继续有效发挥；全面加强党的建设，为科技创新提供坚强有力的思想和组织保证。
路甬祥强调，在新的一年里，中国科学院将继续高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观统领科技创新工作全局，奋勇拼搏，开拓创新，继续深入实施知识创新工程，努力发挥中国科学技术“火车头”的作用，在全面建设小康社会的伟大征程中做出新的更大贡献！
